保护地由于长期连作种植，造成病菌、虫卵积聚；过多施用生理酸性肥料、过量施用氮肥，同时有机肥施用又偏少，土壤缓冲性差，因而使土壤酸化，严重时作物会出现死苗，生长点坏死等现象；施肥种类单一、过量，造成土壤盐分上升，盐害加重。因此，保护地土壤的酸化、盐化等各方面改良问题尤为重要。
保护地土壤应选择土层厚度在50-70厘米，有机质含量2.5-3.5%，全氮0.1-0.15%，全磷0.1-0.25%，质地疏松，耕性好的壤土，其空隙度较大，透气性好，土壤溶液呈中性或偏酸性，具有较强的缓冲能力，施肥后不易出现肥害，施肥不及时也不会出现肥害及脱肥现象。
一、土壤酸化
连作保护地由于长期施用生理酸性肥料，过量施用氮肥，使硝态氮大量积聚，同时农家肥施用量又偏少，土壤缓冲性差，因而使土壤酸化，严重时作物会出现死苗，生长点坏死等现象。
二、土壤盐渍化
保护地全年土温较高，加之较高的湿度，土壤微生物活动旺盛，加速了土壤养分转化和有机物质的分解速度，同时由于常年不合理的过量施肥，又缺少雨水淋溶，使残留在土壤中的各种肥料盐分随浇灌水向耕层积聚，形成次生盐渍化。据测定当土壤盐份浓度达0.3%-0.5%时，因高于植物细胞溶液浓度，作物吸水困难，易发生凋萎，当土壤当中的碱解氮、有效磷、速效钾，超过盐害临界浓度时，作物易发生盐分毒害，影响植株根系吸水吸肥甚至生长，发生整体萎蔫死苗。
三、二氧化氮和氨过剩中毒
农民在保护地施肥时往往偏施氮肥，以为氮肥见效快，易增产，但却忽略了氮肥过多的情况下，铵态氮易转化为亚硝酸二氧化氮气化，当二氧化氮浓度达到2×10-6时，就会毒害蔬菜叶片，叶背产生白斑和黄色小斑点等肥害状，同时植株内游离氨过多，植物免疫力会大幅下降，蔓枯病、炭疽病、霜霉病、病毒病等病虫害易严重发生。
四、土壤养分失衡
土壤养分失衡造成生理缺素障害，在连作情况下，连续大量施用相同或相似的肥料，而特定作物对养分的吸收具有一定的选择性，这样会使某些元素过度缺乏，而某些元素又过多剩余积累，造成土壤养分不均衡。
土壤养分失衡具体原因如下：
1、化肥多，农家肥少，影响蔬菜的自然品质。
2、氮肥过多，钾肥缺乏，会降低氮肥利用率，增加肥害。
3、大量元素肥料多，往往会降低中、微量元素肥料的有效性，如氮磷过多就会降低钙、硼、锌等养分的有效性，连作保护地易发生缺钙引起的大白菜干烧心，番茄、甜椒脐腐病等，缺硼引起萝卜、芹菜茎裂病，叶片扭曲变厚变脆等症状。
五、土壤微生物群体异化，产生一些生物毒性物质
同种作物根系分泌物相同，导致某些土壤微生物大量繁衍，某些土壤微生物被抑制，这样微生物群体就会异化，从而不利于土壤的熟化和肥料营养的分解转化，易造成土壤性能恶化。另外，连作土壤中微生物群体发生变化可使病残体逐年积累，土壤病原真菌数量迅速增加，拮抗性细菌和放线菌受到抑制，会造成枯萎病，青枯病和根结线虫等土传病害的严重发生。
六、防治措施
1、应用秸秆生物反应堆技术
秸秆在微生物发酵菌等作用下，定向转化成植物生长所需的二氧化碳，热量抗病孢子、酶、有机和无机养料，在反应堆种植层内，25厘米耕作层土壤孔隙度提高一倍以上，有益微生物群体增多，水、肥、气、热适中，对保护地土壤连作障害有治本的作用。
2、土壤消毒
（1）大水浸泡：有条件的地方，可利用作物休闲的季节，进行20天左右的土壤浸泡，能显著地消灭土壤中有害杂菌与病虫。
（2）夏季高温闷棚技术：温室大棚在高温季节晴天的上午，地面喷施杀虫杀菌剂，每30斤药液加100毫升酒精，及时覆盖上地膜，密闭棚膜，使棚内温度高达70℃以上，以杀死棚内和土壤中部分病菌和虫卵。闷棚时间一般掌握在15-20天，1个月更好。
（3）湿热杀菌法：可以有效的杀死土壤中的各种线虫、有害真菌和细菌，解决重茬死苗的难题。具体方法：在冬春茬蔬菜拉秧后进行，每亩撒施70千克生石灰粉，10-15立方米生鸡粪或其他畜禽粪便，植物秸秆3000千克，微生物发酵菌种8千克。用旋耕梨旋耕一遍，使桔秆、畜禽粪便、菌种搅拌均匀，然后深翻土地35厘米，浇透水，盖上地膜，扣严棚膜，保持一个月左右，去掉地膜，耕地一遍，裸地晾晒一周，即可达到杀灭病菌、活化土壤的效果。该法对重茬导致的土传病害具有明显的防治效果，其中对危害黄瓜最严重的嫁接黄瓜根腐病和根结线虫病防效最好。对于嫁接口细菌性腐烂病也有明显效果。
3、增施腐熟的农家肥
多年连作的大棚要移棚换茬，对耕性差的黏质土要压沙改良，对保水保肥性能低的沙质土要掺黏土改良。培肥菜地应以基施农家肥为主，农家肥养分全面，对土壤酸碱度、盐分、通透性等有很强的缓冲调节作用。保护地地常用的农家肥主要有腐熟人粪尿、畜禽粪、土杂肥和草木灰等，各种物料一定要经过充分腐熟后再施用。另外也可直接施用有机活化营养嘉美红利，其能起到缓解或解决土壤盐渍化的原理是，一方面红利溶于水后形成有机无机粘粒复合胶体，一般土壤粘粒的吸水力为50％-60％，而复合胶体可高达400％-600％，吸附离子的能力是土壤粘粒的2-3倍，红利溶于水后能吸附土壤中游离的钠、镁等离子，在土壤中形成稳定性螯合态团粒结构，打破板结，改良土壤，调节水气热平衡，使土壤变得疏松透气保暖，更具有保水保肥保温性能；另一方面促进根系广泛地向外延伸，形成健康、庞大的复合吸收新体系；同时含有ABP、PAM、植保素等生物类抗逆因子，为植物创造良好的根际微生态环境，进而能更有效的缓解各种重茬性病害。
4、平衡施肥
化肥施用不合理，尤其是氮肥施用过多，是连作保护地土壤障害的主导因素。因此平衡施肥是保护地生产、高产、优质、高效的关键措施，建议增施有机活化营养、高钾高钙套餐肥嘉美金利、海力宝、赢利来，调理土壤，活化营养，促进养分吸收和转化，秧壮果多，产量高。
5、合理间作、轮作倒茬
利用不同蔬菜作物对养分需求和病虫害抗性的差异，进行合理的轮作和间、混、套作，也可以减轻土壤障害和土传病害的发生。
（2）间作：茄子间种大葱韭菜防治蚂蚁；大棚辣椒与黄瓜间作，有效防治辣椒炭疽病和黄瓜霜霉病；大白菜等十字花科蔬菜与莴苣间作驱避菜青虫；大蒜与油菜间作驱避菜蚜；大蒜与棉花间作驱避棉蚜；番茄与甘蓝间作驱避甘蓝害虫；洋葱与豌豆间作防治豌豆黑斑病；韭菜与大白菜间作防治大白菜软腐病。
6、土壤洗盐深耕
对土壤中某种盐分含量超过0.2%的菜地，可进行大水漫灌，冲洗盐分。盐害严重时，可停种一年蔬菜，改种一茬吸盐植物，进行生物脱盐。对土壤深翻35-40厘米,可以增加土壤耕作层，破除土壤板结，提高土壤通透性，改善土壤理化性状，消除土壤连作障害。结合深翻整地用棉隆颗粒剂进行化学消毒，也可有效减轻连作障害的发生。
7、调节土壤pH值
蔬菜连作引起土壤酸化是一种普遍现象，每年对棚内土壤要作一次pH值检测，当pH≤5.5时，翻地时每亩可施用石灰50-100公斤，与土壤充分混匀，这样不但可提高pH值，还对土壤病菌也有一定得杀灭作用。
8、利用抗性品种和嫁接技术
选用抗病、优质、高产品种，是提高抗病能力的前提，也是防治土传病害最为经济有效的措施。利用嫁接技术防治根系病害，选择高抗根结线虫和根部健壮的品种作为嫁接砧木，如用黑籽南瓜嫁接黄瓜等已有多年成功的经验。特别在病害流行年和地区，与其他防治措施结合，是蔬菜稳产和丰产的重要保障。
9、药剂防治
可根据病害种类，选用相应的药剂，在播种前进行土壤消毒，生长期进行喷雾和灌根。灌根方式除采用淋施外，还可将喷雾器的喷头取下，直接用喷雾杆施药灌根。在生长期防治如根腐病可选用药剂为：恶霉灵、咯菌腈、立枯净、DT等药剂；防治枯萎病、黄萎病可选用药剂：增效多菌灵、精甲霜灵、DT、络氨酮水剂等；防治疫病可选用药剂：甲霜灵锰锌、百菌清等；防治青枯病的药剂：氟哌酸、农用硫酸链霉素、可杀得、氯溴异氰尿酸、DT等。
