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近年来，微生物产品越来越受青睐，使用量也逐渐增大，但在具体使用过程中，存在许多误区，使得土壤微生物生存、繁殖受到抑制，甚至被杀灭，这样的微生物产品使用就毫无意义了。那么，如何正确使用微生物产品，才能保证有益微生物迅速繁殖、占位，并发挥作用呢？
一是注意杀菌剂的使用时间。菜农长期不合理施肥后，土壤问题日益加重，蔬菜根系病害多发，预防根部病害的次数增多，其中会包含杀菌剂，而这些杀菌剂对有益微生物同样也会起到杀灭作用。所以，在灌根、冲施杀菌剂后，不能混合或者紧接着使用微生物菌剂，否则一点效果也没有。当然，使用杀菌剂后，土壤中微生物包括有益的和有害的数量都会急剧减少，那么，在杀菌剂有效期约7天后，再冲施微生物菌剂，有益微生物能迅速占位，并发挥作用。菜农可以根据土壤中微生物菌群的实际情况，合理安排杀菌剂和微生物菌剂的使用时间，确保土壤中有益微生物菌群占主导地位。
二是注意配合使用供给微生物营养的产品。微生物菌剂施入土壤中，在适宜的条件下使用后，需要吸取养分迅速繁殖，而产品自身携带养分量有限，若菜农在使用微生物菌剂时，配合使用甲壳素、海藻酸、氨基酸等产品，可以为补充的有益微生物提供养分。当然，若土壤中有机质含量丰富的话，使用微生物菌剂后，也能得到充足的营养供给。
综上所述，随水冲施微生物菌剂后，既要保证微生物活性，又要保证其食物所需，这样才能让有益微生物发挥作用。就目前来看，有益微生物能促进土壤有机质的分解，产生有机酸类物质，如氨基酸和某些微生物，量虽少，但能刺激作物生长，增强根系发育，提高根系吸收能力。根系生存的土壤环境好了，根结线虫、根部病害等也自然减少了。
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